Zunächst eine Begriffsbestimmung: Zooxanthellen sind Algen aus der Gruppe der Dinophyten (Dinoflagellata), die in einem symbiotischen Verhältnis mit den meisten Steinkorallen (Scleractinia), vielen Weichkorallen (Alcyonacea), vielen sonstigen Blumentieren (Anthozoa) und Riesenmuscheln (Tridacnidae) leben. Die Zooxanthellen leben in der Haut des Wirtes und versorgen ihn mit Zucker und anderen Produkten. Sowohl der Wirt als auch die Alge profitieren von der Symbiose. Steigt die Wassertemperatur über 30°C oder geraten die Algen unter andere negative Umwelteinflüsse (Meeresverschmutzung), kann das dazu führen, dass die Zooxanthellen einen für die Koralle schädlichen Stoff produzieren und der Polyp die Zooxanthellen freisetzt. Die Koralle verliert die von den Algen verliehene Farbe und sie bleicht aus (Coral Bleaching). Die Koralle kann sich aber neue Zooxanthellen einverleiben und weiterleben. Nur wenn der verursachende Stress (Wärme, Umweltstress) zu lange anhält, stirbt die Koralle ab. Auch Nacktschnecken aus der Gattung Phyllodesmium, die Korallen abweiden, können die Zooxanthellen einlagern.
Symbiose bezeichnet in Europa die Vergesellschaftung von Individuen unterschiedlicher Arten, die für beide Symbiosepartner vorteilhaft ist. Der Begriff ist abgeleitet vom griechischen Verb symbioun = „zusammenleben“, bedeutet wörtlich also das Zusammenleben.
Ausgehend von seinen Arbeiten an Flechten schlug Anton de Bary 1878 auf der 51. Versammlung Deutscher Naturforscher und Ärzte in Kassel vor, den Begriff der Symbiose in die Biologie einzuführen. Damals benutzte er ihn aber sehr weitgefasst für jegliches Zusammenleben von artverschiedenen Organismen, also auch für den Parasitismus. In diesem weitgefassten Sinn wird Symbiose noch immer in der US-amerikanischen Literatur für sämtliche Formen des coevolutionär entstandenen Zusammenlebens, vom Mutualismus über den Neutralismus bis hin zum Parasitismus verwendet.
Auch bei der Symbiose im engeren (europäischen) Sinne gilt die Vorstellung von einem Leben in Harmonie als überholt. Tatsächlich erfordert jede Symbiose eine strikte „Kontrolle“ und „Überwachung“ des Partners, damit das „Ausnutzen“ einer Leistung ohne Gegenleistung verhindert wird. Diese einander entgegen gesetzten evolutionären Tendenzen können so gedeutet werden, dass ein „Wettlauf“ zwischen den Symbiosepartnern stattfindet, als dessen Ergebnis der gegenseitige Nutzen sich auf den kleinsten gemeinsamen Nenner beschränkt.
Bei Symbiosen zwischen Lebewesen, die sich durch ihre Größe erheblich unterscheiden, bezeichnet man den größeren Partner oft als Wirt, den kleineren als Symbiont.